同じプログラムがLinux環境でだけやけに遅い事象が。
原因は乱数。

/dev/random から読み出すと、エントロピープール内のノイズビット数予測から乱数バイト列のみを返す。/dev/random は、ワンタイムパッドや鍵など、高度な無作為性を必要とする場合に使われる。エントロピープールが空の場合、/dev/random から読み出そうとするとブロックされ、環境ノイズの収集がなされるまで待たされる。
(略)
/dev/urandom へのアクセスはブロックされることがないが、/dev/random に比べて出力のエントロピーが小さい。

/dev/random

Javaプログラムが/dev/urandomを利用するようにするには

テキスト エディタを使用して $JAVA_HOME/jre/lib/security/java.security ファイルを開きます。
次の行を編集して
securerandom.source=/dev/random

次のように書き換えます。
securerandom.source=/dev/urandom
変更を保存して、テキスト エディタを終了します。

乱数生成に伴う JVM の遅延の回避