よりも、やっぱJavaからSQLiteにアクセスする方が手馴れてて楽だろうなぁ…。
斎藤L太郎さん版JDBCドライバ

SQLite JDBC driver developed by Taro L. Saito is an extension of Zentus's SQLite JDBC driver that enables Java to access SQLite database files.

http://www.xerial.org/trac/Xerial/wiki/SQLiteJDBC

サンプル

どの辺が便利かというと、JARの中にWindows用のsqlitejdbc.dllとか、Linux用のlibsqlitejdbc.soが同梱されているので、パスやら環境を意識することなく、ライブラリを読み込みさえすれば使えてしまう。

http://blog.mwsoft.jp/article/34879023.html