何かまた判った。
しばしばVPS上のSugarSyncは勝手にプロセス終了している。
多分その間にVPS上でファイルを変更しているとこれが一人コンフリクトでファイル名が変わっちゃう現象が起こるのではなかろうか。
プロセス終了してる原因は不明。そもそもWindows Server 2008 R2上での動作保証されてないしな。