結局、SQLite3クラスではなくPDOを使った。
SQLite3は意外に速い。しかしSQLをprepareしてもそのままexecuteしてもあんまり変わらない感じ。本当に実行計画をキャッシュしてるか非常に怪しい気がしないでも無い。まぁMySQLですらなんちゃってprepareだしな。真面目にキャッシュしてるのはOracle DBくらいじゃなかろうか。
ともあれ、http://nekora.main.jp/comic/thumb/Ranking/all/　←このように左のメニューの「New」の付き方が一ヶ月ぶりに正常化した。今までは各ジャンルのデータファイルの更新時刻から割り出していたんだが、６月初頭に良さげな作品を上に持ってくる処理を定期実行するようになってからは、新作追加が無いのに「New」が付いてしまい訳が判らなくなっていたが、DBで別管理にしたからもう大丈夫。