よくわからぬので色々試したが、結局、Ivyの設定は以下が良いようだ。
<dependency org="jakarta.xml.bind" name="jakarta.xml.bind-api" rev="3.0.1"/>

<dependency org="org.glassfish.jaxb" name="jaxb-runtime" rev="3.0.2"/>

revは固定しないとRC版拾ってきたりするので3.x.xを固定すること。どうもJAXBはv2までがjavax.xml.bind、jakarta.xml.bindはv3からの模様。
あと実装はeclipseのやつはjaxb.propertiesとか必要だったりJAXB.unmarshalが使えなかったり制限があるのでglassfishの方を使うのが良さげ。
こんな手間を喰うのもJava 11で標準ライブラリがごそっと消えたから…。お陰でMohoの作業が全くできなかったよ。ボーダーブレイクはやったけど。