結局、
1.主線のストロークとメインの色を塗ったシェイプを配置したレイヤーAを作成
2.Aの上に、影の色のみのストローク無しのシェイプを配置したレイヤーBを作成
3.AとBをグループ化し、マスクを作成
4.この時、Aレイヤーのマスク設定で「ストロークを除外」を指定
5.以上をフレーム0で行い絵を作った後に、キーフレームでAとBを変形して動き形を付ける。
が一番合理的な気がする。グラデーションも付けられるし、塗り漏れやはみだしが少なくなるし。