今回新たな知見を得たのでメモ。
Thunderbirdは、C:\Users\ユーザ名\AppData\Roaming\Thunderbird の下にローカル保存のメールデータや、サーバへの接続設定、メールの振り分け設定等々、その全てがあるので、このディレクトリを丸々バックアップして、新規インストールしたら上書きすると以降は完了する。